A tó állatvilágának az ember szempontjából is legfontosabb tagjai a halak, többnyire a nyílt víz lakói. Mintegy 41 halfajt írtak le. A halfauna állandó változásban van, egyrészt idegen halfajok betelepítése, másfelől a szennyezések, mérgezések következtében, valamint a véletlenül behurcolt fajok által. A tó meglehetősen drága és egyre nehezebben fogható jellegzetes hala a fogassüllő (Lucioperca lucioperca) [3]. A balin, ragadozó őn (Aspius aspius) a víz felső rétegében üldözi a küszcsapatokat. A 'balinozás' a horgászok körében a legizgalmasabb élmények közé tartozik. A ponty (Cyprinus carpio) [4] természetes szaporulata a Balatonban kedvezőtlen, ezért mesterségesen pótolják. A keszeg (Abramis brama) [5] ívásakor szinte 'forr a víz'. A kígyószerű, betelepített ragadozó angolna (Anguilla anguilla) [6] sok kárt okozott a tóban (1991. angolnavész). A magyar ember soha nem szerette meg ezt az ízletes húsú halfajt. A szélhajtó küsz (Alburnus alburnus) [7] a ragadozó halak és madarak alapvető tápláléka, a lápipóc (Umbra krameri) [8] védelem alatt áll.
